En la temporada 2012-13, el conjunto arlequinado volvió a conseguir la salvación. Sin embargo, su temporada volvió a ser pésima al quedar eliminado, una vez más, en octavos de final de la Liga de Campeones, tras ser remontado con el Manchester United; eliminado en cuartos de final de la Copa de la Liga tras ser remontados por el EA Guingamp y caer en la Final de la Copa de Francia; solo el título en la Ligue 1 evitó que terminara en un fracaso total.
