El 1 de junio, Müller marcó de penalti en la final de la Copa de Alemania. En el partido de vuelta, anotó de cabeza y el Bayern ganó 0-3 y le endosó Barcelona su mayor derrota de su historia en la UEFA Champions League, con un marcador global de 7-0. Müller a continuación, desempeñó un papel importante en la victoria por 2-1 del Bayern sobre el Borussia Dortmund en la final de la Champions, proclamándose Campeón de Europa.
