El equipo también tuvo una destacada participación en la Copa de la UEFA, llegando hasta la tercera ronda, donde cayó ante el Athletic Club (por un global de 4:5, a raíz de un 1:4 en España y un 3:1 en Italia), pero estando a un gol de forzar la prórroga en el partido de vuelta disputado en San Siro. Hacia 1932 y ya con la vuelta a una sola asociación, se crea el profesionalismo en el fútbol uruguayo; y Progreso tenía dos caminos: la fusión con otra institución o la inversión del escaso capital del club en sus instalaciones.
